東華三院馬錦燦紀念小學於2013年8月獲政府分配北區粉嶺三十六區一幅空置用地，以重置現時不敷應用的校舍。新校舍剛完成草擬設計，並預計於2016年年底落成，繼續為學童提供優質的教育服務。
新校舍座落於粉嶺清城路，北面為興建中的祥龍圍邨，佔地面積近八萬呎。為貫徹東華三院「全人教育」的辦學理念，校園的設計有以下特色：
興建一條六十米長的跑道，供學生在校園內練習
地下設有多個多用途活動室，可供同時進行多項不同類型的活動
設有有蓋操場供全校師生一起舉行集會，以解決現時校舍因空間不足而產生於集會時遇到的困難
設有可容納全校師生的多用途大禮堂
設有寬敞舒適及設計新穎的圖書館
六樓設有一個網球場，培養學生的多元發展
綠色校園設計，廣種植物，更富現代感
強調環保設計，利用對流加強通風效果，設有雨水收集區，利用天然雨水灌溉校園內的植物，同時設有大量節能及再生能源設施
重建計劃已於3月4日取得北區區議會的支持，政府其後將陸續向立法會教育事務委員會、工務小組委員會及財務委員會申請撥款。
新校舍概念圖
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清城路正面景觀
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新校舍內園景觀
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學校禮堂
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圖書館