東華三院開辦了58個教育服務單位,包括東華學院、18所中學、14所小學、18所幼稚園、3所特殊學校、2間教育心理服務中心、1間才藝教育中心、1所音樂學院及1間為幼兒而設的遊戲學習中心。教育科負責策劃、發展及管理東華的教育服務,並促進東華屬校之間的溝通及經驗交流。
本院設有學生輔導部,由教育及臨床心理學家為學校提供直接服務,以及諮詢和支援服務。直接服務是為有特殊教育需要的學生提供評估、跟進及轉介服務;諮詢和支援服務包括協助學校制訂校本支援政策、計劃及措施,以及舉辦培訓活動。因應社會對學生支援服務的需要,本院於2010年9月成立「教育心理服務中心」,為學校及社區提供教育心理服務。