內科病人在診症後，可按主診醫師開出的處方，自行到市面上的藥材店購買所需藥材服用。同時，中醫普通科門診部提醒病人，應到持有有效「中藥材零售商」牌照的藥材店配發中藥。這些持牌中藥店的運作均受到《中醫藥條例》所規管。

東華三院屬下的四間中醫藥臨床研究及服務中心均設有現代化的中藥房，亦為持當天處方的中醫普通科門診病人提供收費的中藥配劑及煎藥服務。中藥房設有三種不同的中藥飲片形式，包括須要煎煮的中草藥、免煎煮的顆粒沖劑及藥粉沖劑可供病人選擇。